Emiya Shirou küçükken ailesi bir yangında ölmüş ve kendisine büyücü diyen bir adam tarafından evlat edinilmiştir. Liseye gittiği Fuyuki Şehri önemli bir sır barındırmaktadır. Bu şehir, sahip olanın dileğini gerçekleştirme gücüne sahip olduğu söylenen “kutsal kâse”yi elde edebilmek bir savaş mekânıdır. Zamanı geldiğinde büyücüler emirlerindeki “kahramanlar” ile bu savaşta yer alacaktır. Zayıflıkları belli olmasın diye kahramanlar ait oldukları sınıf isimleriyle çağrılırlar: Saber, Archer, Rider, Berserker, Lancer, Caster, ve Assassin. Shirou farkında olmadan bu savaşa tanık olur ve istemese de olayların bir parçası haline gelir.